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Unlocking your NGS-Data Skills: NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme

CQ Beratung+Bildung GmbH
Übersicht
Beginn: 08.11.2021 Online-Kurs / Fernlehrgang
Online-Kurs / Fernlehrgang
5 Tage
1.489 EUR MwSt. befreit
Bewerbungsfrist: 08.11.2021
Kurse

Beschreibung

Unlocking your NGS-Data Skills: NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme

Zur Beantwortung von biologischen und medizinischen Fragestellungen wird eine effektive und hochqualitative Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) immer wichtiger. Ermöglicht wird dies durch die neuesten Technologien des Next-Generation Sequencing, weshalb bioinformatische Fähigkeiten im Umgang mit besonders großen Datenmengen immer mehr gefragt sind.

In dieser (berufsbegleitenden) Weiterbildung werden Ihnen die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse vermittelt. Hierbei geht es sowohl um den richtigen Umgang mit großen Datensätzen und Datenformaten als auch um die selbständige Anwendung von Workflow-Managementsystemen. Sie werden eigenständig NGS-Workflows von der Qualitätskontrolle bis zum Variant Call in Galaxy entwickeln und in der Lage sein, diese mit einfachen Bash-Befehlen über die Linux-Kommandozeile in Snakemake zu übertragen.

Möchten Sie mehr über diese Weiterbildung erfahren?

Inhalte / Module

Inhalte der Weiterbildung

1. Analyse von NGS-Daten

  • Rohsequenz-Format FastQ
  • Rohsequenz-Qualitätskontrolle (DNA/RNA) mit FastQC
  • Adapter Clipping und Quality Trimming (z. B. Trimmomatic, Cutadapt)
  • Read-Mapping mit Bowtie2, BWA-MEM
  • Mapping-Formate SAM/BAM
  • Mapping-Statistik (samtools)
  • Mapping-Qualitätskontrolle (Qualimap)
  • Duplikat-Entfernung und Filterung von gemappten Reads (samtools, Picard)
  • Erstellung von Qualitätskontrollberichten mit MultiQC
  • Variant-Call (bcftools, freebayes, GATK)
  • Variant-Call-Format VCF
  • Visualisierung von gemappten Reads und Varianten mit dem Genombrowser IGV (Integrated Genomic Viewer)

2. Einstieg in Kommandozeilen-Tools und Software-Management

  • Einrichtung und Verwaltung von Softwareumgebungen
  • Installation und Steuerung von Softwarepaketen mit Conda

3. Vorstellung von Workflow-Management-Systemen

  • Galaxy (browserbasiert)
  • Snakemake (skriptbasiert, Kommandozeile, einfache Bash)

Aufbau & Organisation

Dauer

5 Online Seminartage á 8 UE von 08:30 bis 15:30 Uhr.

Hinweis

Diese Weiterbildung wird lediglich in englischer Sprache durchgeführt. Wir beraten Sie gerne über Ihre Teilnahmemöglichkeiten.

Online-Teilnahme – den Seminarraum nach Hause holen.

Als Reaktion auf die aktuelle Lage in Bezug auf den Corona-Virus und zum Schutze der Gesundheit jedes Einzelnen, bietet CQ Ihnen die Möglichkeit, mittels einer Videokonferenzsoftware Online an der Weiterbildung teilzunehmen.

Bei Fragen beraten wir Sie gerne – sprechen Sie uns einfach an.

Zielgruppe / Voraussetzungen

Fachliche Voraussetzungen

  • Grundsätzliche Kenntnisse der Molekularbiologie, besonders der Genetik/Genomik.
  • Grundverständnis von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung).
  • Programmierkenntnisse sind nicht erforderlich, allerdings Interesse am Erlernen des Umgangs mit Kommandozeilen-Tools.

Technische Voraussetzungen

  • Computer mit freiem Festplattenspeicherplatz von min. 30 GB.
  • Linux (Ubuntu) oder Mac OSX als Betriebssystem.
  • Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).

Infos anfordern

Kontaktieren Sie hier den Anbieter, um mehr über das Kursangebot Unlocking your NGS-Data Skills: NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme zu erfahren!

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Kontaktinformation CQ Beratung+Bildung GmbH

CQ Beratung+Bildung GmbH

Strelitzer Straße 60
10115 Berlin

 Telefonnummer anzeigen
www.cq-bildung.de

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